Основным направлением лечебной деятельности Центра является хирургическое и консервативное лечение, медицинская реабилитация пациентов с заболеваниями  артерий и вен, синдромом диабетической стопы, последствиями травм позвоночника и спинного мозга, постампутационными дефектами конечностей, заболеваниями крупных суставов, последствиями травм костно-суставного аппарата, сухожилий, мышц, периферической нервной системы.

В настоящее время ФГБУ «Новокузнецкий научно-практический центр медико-социальной экспертизы и реабилитации инвалидов» Минтруда России представляет собой сбалансированную цельную структуру, позволяющую реально осуществлять комплексный подход к реабилитации инвалидов – от высокотехнологичной хирургической медицинской помощи до протезирования конечности, социально-средовой адаптации и получения конечного результата по интеграции инвалидов тяжелой категории в общество.

Клиника развернута на 226 коек и включает в себя отделение сосудистой хирургии, нейрохирургии, ортопедическое отделение, отделение медицинской реабилитации, оперблок с палатой интенсивной терапии, отделение медико-социальной реабилитации, физиотерапии и лечебной физкультуры. В состав диагностических  служб входят: отделение функциональной диагностики, рентгенологическое отделение, клинико-диагностическая лаборатория; кабинеты рефлексотерапии, биомеханических исследований, «Диабетическая стопа», рентгенохирургических методов диагностики и лечения, ортезирования.

Клиника оснащена оборудованием, необходимым для осуществления лечебно-диагностического и реабилитационного процессов, в том числе для проведения ультразвуковых исследований экспертного уровня, микрохирургических и рентгеноперационных вмешательств и мониторирования пациентов в палате интенсивной терапии. Широко применяются физические методы, включающие в себя физиотерапию, бальнеотерапию, грязелечение, рефлексотерапию, лечебную физкультуру.

Восстановительная хирургия является важной частью комплекса медицинской реабилитации. Каждое клиническое отделение имеет в своем арсенале уникальные методы лечебно-диагностических процедур.

Отделение сосудистой хирургии располагает богатым опытом по хирургическому лечению артериальной и венозной патологии, осложнений сахарного диабета. В отделении применяются передовые технологии хирургического и консервативного лечения тяжелой ишемии нижних конечностей, в том числе ишемии единственной сохраненной нижней конечности.

Отделение нейрохирургии располагает уникальными возможностями хирургического лечения больных с последствиями позвоночно-спинномозговой травмы, имеет в своем арсенале оригинальные методики стабилизации позвоночника и декомпрессии спинного мозга, хирургического лечения пролежневых ран и урологических нарушений, нейрогенных и посттравматических деформаций конечностей, восстановления и коррекции двигательных нарушений. Благодаря уникальным методикам способность к самостоятельному передвижению получают и инвалиды со спинальной травмой.

В ортопедическом отделении широко используются такие современные медицинские технологии, как эндопротезирование крупных суставов, артроскопические вмешательства на суставах, костно-пластические операции с применением конструкций с эффектом памяти формы; кроме того, отделение имеет опыт пластического замещения рубцово-язвенных дефектов, реконструктивных операций на культях конечностей.

Отделение медицинской реабилитации располагает большим опытом и уникальными возможностями по лечению отдаленных последствий травмы периферических нервов и сухожильно-мышечного аппарата конечностей. Применяются оригинальные методы костной, кожной и сухожильно-мышечной пластики.

В отделении медико-социальной реабилитации, физиотерапии и лечебной физкультуры осуществляется социально-бытовая адаптация, психокоррекция и психотерапия, обучение навыкам пользования креслом-коляской, проводится реабилитационно-экспертная диагностика.

В подразделениях клиники работают высококвалифицированные специалисты — доктора и кандидаты медицинских наук, врачи, имеющие высшую и первую квалификационные категории. В практической деятельности широко применяются авторские разработки сотрудников Центра.

Действенную консультативную помощь пациентам всех клинических отделений оказывают высококвалифицированные специалисты: терапевт, невролог, кардиолог, эндокринолог, уролог, психотерапевт, эндоскопист.

За год в подразделениях клиники проходят обследование, получают консервативное и оперативное лечение более 3,5 тыс. человек, 80 % из которых являются инвалидами.

В рамках лечебной деятельности в лаборатории сложного и атипичного протезирования осуществляется подготовка пациентов к первичному, сложному и атипичному протезированию, а также двигательная реабилитация и обучение пользованию протезом. Для каждого инвалида составляется индивидуальная программа комплексной реабилитации, включающая в себя диагностические мероприятия, методы консервативного и оперативного лечения, социальной адаптации, психологической помощи, подбор и обучение навыкам пользования  техническими средствами реабилитации.

Большая роль в лечебном процессе принадлежит среднему и младшему медицинскому персоналу.